舞台はアメリカ。活気あふれる大都会「タウンズヴィル」は、ぱっと見美しく平和な街ですが、騙されてはいけません！悪者がうじゃうじゃしているのです。
街に起こるいろいろなアクシデントや市長さんのSOSに応えて、悪いヤツらに立ち向かえるのは「パワーパフ ガールズ」だけ。

遺伝子工学を研究するユートニウム博士が、お砂糖、スパイス、ステキなものをいっぱい混ぜて、とびっきりかわいい女の子を作るはずが、間違って「ケミカルＸ」という余計な薬品が入ってしまって生まれた、ブロッサム、バブルス、バターカップの３人娘です。
学校とスーパーヒロインの両立は大変かもしれないけれど、３人が力を合わせればへっちゃら！ガールズパワー炸裂で、悪者たちに戦いを挑みます。